北宋宁真宗笃信道教，奉老子为太上老君混元上德皇帝。此时，在三清山一带开始出现成批 的道教建筑。方士们为了纪念葛洪开山之功，在山上建起了葛仙观，内中供奉葛仙翁和李尚书石像；同时建起的还有福庆观、灵济庙。尤其值得一提的是，方士们在天门峰的悬崖之上，用天然花岗岩雕干砌成一座六层五面的风雷塔，此塔历尽千年风雨，至今巍然不动，被誉为三清山上道教建筑中的一颗灿烂明珠。

元时，朝廷把道教当作控制汉民族的思想武器，道教进一步受到重视。此时三清观内出现了 信奉全真派的方士(出家), 他们专门从事道教活动，多时达几十个人；更多的方士则信奉正一派派(不出。家)，他们受道教经典戒规约束，谙熟各种醮祷仪式，在民间从事道教活动：一为从事阴事，超度亡灵， 如做功德、关殓等；一为从事阳事， 如打醮等。据元人鲁起元在《游三清山记》中说 , 此时三清山正在大动土木，扩建三清观。观内供奉石刻石仙君、葛仙翁、李尚书、金童、玉女、潘元帅神像；山上景物、地点也以道教称谓命名，如仙人桥、雷公石、判官石等等。

明太祖朱元璋特别推崇道教，张天师为全国教主，贵溪龙虎山遂成为全国道教活动中心。三清山距龙虎山仅300里，近在咫尺，传教、化缘的方士来往频繁，联系也极为密切，三清山的教务活动几乎直接在张天师控制之下进行的，此时山上朝拜之风极兴盛，散居于赣、浙、皖、闽的方士和信徒，每年的八九月份，都要组织香会“一年朝三清，一年朝少三清山华”。他们结队而行，以三清神像和旌旗开道，点燃香烛，抬着猪牛羊各种祭品，并鸣三眼铳助威，配以鼓乐，吹吹打打，浩浩荡荡向三清山进发，每日多则上万人，少则几千人。

明朝为三清山道教活动的鼎盛时期。山上的道教建筑也如雨后春笋般大量出现。至景泰年间，山上已经建起龙虎殿、方士羽化坛、玉零观、纠察府、演教殿、九天应元府、潘公殿、方壕上、天门石坊、飞仙台、流霞桥、石阶“众妙千步门”、“冲虚百步门”等建筑，并重建三清观，改建三清宫。明代的宫宇建筑十分独特：前后两进，坐北朝南，以山上花岗岩雕凿干砌而成，石梁石柱,四周配以石墙,内供玉清,上清、太清三尊石雕石刻神像130尊，摩崖题刻45 处。